Berdirinya RS Atma Jaya tidak lepas dari sejarah berdirinya Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya. Peletakan batu pertama RS Atma Jaya dilakukan oleh Walikota Jakarta Utara Bapak Dwinanto pada tanggal 25 Juni 1973, didirikan diatas areal seluas 4.7 hektar di Jakarta Utara.

Mulai berkarya pada bulan Juni 1976, dengan 120 tempat tidur dan saat itu sudah ada bagian Kebidanan dan Penyakit Kandungan, Penyakit Dalam, Penyakit Saraf dan Bagian Bedah. Rumah Sakit ini didirikan untuk menunjang pendidikan dan latihan calon-calon dokter serta menyelenggarakan pelayanan medis bagi kepentingan masyarakat Jakarta Utara.

Pada tanggal 9 Mei 1977 Rumah Sakit Atma Jaya diresmikan oleh Gubernur DKI Jakarta Bapak Ali Sadikin.

Saat ini pelayanan Rumah Sakit Atma Jaya sudah jauh berkembang dibandingkan dulu. Layanan yang tersedia lebih lengkap dan didukung oleh dokter-dokter spesialis, sub spesialis dan dokter umum.