Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta adalah sebuah rumah sakit yang berada di Jl. KH Ahmad Dahlan No.20, Kota Yogyakarta. Rumah sakit ini merupakan salah satu bentuk amal usaha Muhammadiyah dalam bidang kesehatan (PKU Muhammadiyah).

RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta milik Pimpinan Pusat Muhammadiyah didirikan oleh K.H. Ahmad Dahlan sebagai Ketua Persyarikatan Muhammadiyah atas inisiatif muridnya, K.H. Sudjak, yang pada awalnya berupa klinik dan poliklinik pada tanggal 15 Februari 1923 dengan lokasi pertama di kampung Jagang Notoprajan No.72 Yogyakarta. Awalnya bernama PKO (Penolong Kesengsaraan Oemoem) dengan maksud menyediakan pelayanan kesehatan bagi kaum dhuafa’. Pendirian pertama atas inisiatif H.M. Sudjak yang didukung sepenuhnya oleh K.H. Ahmad Dahlan. Seiring dengan waktu, nama PKO berubah menjadi PKU (Pembina Kesejahteraan Umat).

Pada tahun 1928 klinik dan poliklinik PKO Muhammadiyah pindah lokasi ke Jalan Ngabean No.12 B Yogyakarta (sekarang Jalan K.H. Ahmad Dahlan). Pada tahun 1936 klinik dan poliklinik PKO Muhammadiyah pindah lokasi lagi ke Jalan K.H. Dahlan No. 20 Yogyakarta hingga saat ini. Pada tahun 1970-an status klinik dan poliklinik berubah menjadi RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta.