Berawal dari gagasan Ibu Fatmawati istri Soekarno yang saat itu sebagai ibu Negara Republik Indonesia – untuk mendirikan Rumah Sakit Tuberkulose bagi anak – anak, baik untuk perawatan maupun tindakan rehabilitasinya. Maka pada tanggal 30 Oktober 1953 Ibu Fatmawati menggalang dana sebagai modal pertama pendirian Yayasan Ibu Soekarno untuk pembangunan rumah sakit tersebut.
Melalui Yayasan Ibu Soekarno dan bantuan dari berbagai pihak antara lain Departemen Kesehatan, Yayasan Dana Bantuan Departemen Sosial Republik Indonesia, dan lain – lainnya; pembangunan gedung Rumah Sakit TBC Anak – anak dimulai dengan peletakan batu pertama pada tanggal 2 Oktober 1954 oleh Ibu Fatmawati Soekarno.
Pada tanggal 12 Desember 1958 Yayasan Ibu Soekarno menyerahkan proses pembangunan rumah sakit kepada Departemen Kesehatan R.I, dengan persetujuan dari Yayasan Dana Bantuan Departemen Sosial R.I. pada tanggal 9 September 1959.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan R.I, tanggal 12 April 1961 fungsi rumah sakit berubah menjadi rumah sakit umum. Penyelenggaraan, pembiayaan dan pemeliharaan rumah sakit dilaksanakan oleh dan dengan anggaran Departemen Kesehatan R.I. Keputusan ini mulai berlaku tanggal 15 April 1961, dan selanjutnya ditetapkan sebagai Hari Jadi Rumah Sakit.