Berdasarkan perkembangannya kemudian pada tanggal 10 Desember 1996 melalui Surat Keputusan Bupati Kabupaten Tanah Datar Nomor 412/BTD/1996 dikukuhkan nama RSU Batusangkar menjadi RUMAH SAKIT Prof.DR.M.A HANAFIAH SM Batusangkar yang diambil dari nama tokoh masyarakat Kabupaten Tanah Datar yang telah mengabdikan dirinya dalam Ilmu Kedokteran pada Universitas Indonesia yang bernama Prof. Dr. M.A Hanafiah dimana yang menjadi Direktur RSU Batusangkar pada saat itu adalah Dr. Asri Majid dan Ketua DPRD Kabupaten Tanah Datar Bahar Adam Sori. Pemberian nama RSU Batusangkar menjadi RS Prof dr. M.A Hanafiah SM dikarenakan Rumah Sakit Umum Daerah di Propinsi Sumatera Barat telah memakai nama tokoh masyarakat setempat.Setelah disepakati bersama Tim sepakat memberi nama RS Ali Hanafiah SM karena Ali Hanafiah adalah Putra Daerah pertama yang bertugas sebagai Dokter di RSU Batusangkar pada tahun 1937.

Seiring dengan perkembangan desentralisasi Otonomi Daerah kemudian struktur Rumah Sakit Prof. DR. M.A Hanafiah SM Batusangkar berkembangan dengan perubahan struktur baru yang ditetapkan dalam Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2008.