RSUP Dr. Johannes Leimena adalah Satuan Kerja / Unit Pelaksana Teknis yang bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Pelayanan Kesehatan Kementerian Kesehatan RI. Berdasarkan Permenkes 34 Tahun 2019 telah ditetapkan Struktur Organisasi dan Tata Laksana RSUP Dr Johannes Leimena dan berdasarkan Surat Izin Operasional dari Gubernur Nomor 01/DPMTSP/RS-B/2019 ditetapkan sebagai Rumah Sakit Kelas B. RSUP Dr. Johannes Leimena merupakan Rumah Sakit Rujukan untuk Maluku dan Maluku Utara. RSUP Dr. Johannes Leimena Ambon mempunyai tugas menyelenggarakan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna, pendidikan dan pelatihan, penelitian dan pengembangan secara serasi, terpadu, dan berkesinambungan. Dan dalam melaksanakan tugas tersebut RSUP Dr. Johannes Leimena sebagai Rumah Sakit Vertikal Kelas B