Pada awalnya Garuda Sentra Medika hanyalah sebuah poliklinik kesehatan yang didirikan bersamaan dengan Garuda Indonesia Airways (GIA) di tahun 1949 karena adanya peraturan internasional yang mengharuskan perusahaan penerbangan komersial memiliki fasilitas kesehatan sendiri untuk karyawannya, terutama untuk menjaga dan memelihara kesehatan awak pesawatnya. Sejak bulan Juni 1998 status pengelolaannya diubah menjadi Strategic Business Unit (SBU) dan diberi nama Garuda Sentra Medika (GSM) yang memiliki fungsi utama melaksanakan pengelolaan fasilitas (benefit) kesehatan dan pelayanan untuk karyawan Garuda beserta keluarganya, serta pihak pihak lain (third party) yang membutuhkan. Selain itu, GSM juga mengelola layanan khusus bidang kesehatan penerbangan (aviation medicine) sebagai salah satu jasa pelayanan pendukung bisnis jasa penerbangan seperti; pemeliharaan kesehatan personil penerbangan, medevac, medical escorting, travel clinic, dll. Sejak Juni 2017, status GSM berada dibawah unit Human Capital Management (JKTID), namun tetap dapat melakukan fungsinya sebagai unit yang memberikan pelayanan kesehatan bagi karyawan Garuda dan keluarganya serta pasien umum lainnya dan tetap dapat melakukan pemeliharaan kesehatan personil penerbangan, medevac, medical escorting, travel clinic, dll.