Rumah Sakit Lanud Iswahjudi awal berdirinya dimulai dengan sebutan Seksi Kesehatan Detasemen AURI Maospati sekitar tahun 1954. Kemudian berkembang sejalan dengan berkembangnya Detasemen AURI Maospati menjadi Pangkalan Udara Iswahjudi pada tahun 1959.Pada tahun 1971, Gugus Kesehatan 044 berubah menjadi Dinas Kesehatan. Dan pada tahun 1979 menjadi Rumkit Integrasi ABRI yang melayani rujukan dari Rumkit / Instansi ABRI wilayah Madiun dan sekitarnya sampai akhirnya tahun 1985 dengan adanya reorganisasi TNI AU, Rumkit Lanud Iswahjudi dikukuhkan sebagai Rumkit Tkt. III mandiri yang secara struktural berada dibawah Danlanud Iswahjudi.