Sejak tahun 1926, RS Bethesda Lempuyangwangi dikenal masyarakat luas sebagai Klinik Bersalin “Zuster Prins”. Sesuai dengan kedudukannya sebagai satelit dari RS Bethesda Yogyakarta, pada tahun 1998 berubah fungsi sebagai Bidyankes Lempuyangwangi. Dikarenakan regulasi dari pemerintah, Bidyankes Lempuyangwangi dimandirikan menjadi Rumah Sakit Khusus Ibu dan Anak (RSKIA) Bethesda Lempuyangwangi, yang kemudian berubah status menjadi Rumah Sakit Umum (RSU) Bethesda Lempuyangwangi pada 15 Maret 2003, selanjutnya pada tahun 2018 sesuai peraturan dari Pemerintah kembali berubah status menjadi Rumah Sakit (RS) Bethesda Lempuyangwangi.

Rumah Sakit memberikan pelayanan klinik rawat jalan yang terdiri dari poli klinik umum dan spesialis, perawatan kamar inap yang ditunjang dengan layanan penunjang seperti apotek, laboratorium, radiologi, fisioterapi, gizi, dan rekam medis.