Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap (YARUSIF) sebagai Yayasan yang bergerak di bidang sosial, semula adalah Yayasan Rumah Sakit Islam Cilacap (YARUSI) yang didirikan berdasarkan Akta Pendirian Yayasan Nomor : 55, tanggal 20 Juli 1983, yang dibuat dihadapan Notaris Endang Soedarwati, S.H., Notaris di Cilacap.

Pada awalnya Yayasan Rumah Sakit Islam Cilacap mendirikan sebuah Klinik Kesehatan/Balai Pengobatan pada tahun 1986. Balai Pengobatan tersebut secara perlahan tumbuh dan berkembang sehingga pada tanggal 10 September 1992 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No: 0846/YK/RSKS/PA/IX/92 tanggal 10 September 1992 secara resmi menjadi Rumah Sakit dengan nama RUMAH SAKIT ISLAM FATIMAH CILACAP.