RSKH sebelumnya bernama Djawatan Kesehatan Sub Teritorium (DKT) I / VI yang di serahkan Belanda pada tahun 1950 kepada Pemerintah Republik Indonesia. Pada Tahun 1968 Djawatan Kesehatan sub Teritorium I / VI (DKT) berubah nama menjadi Rumkit Kesdam XII / Tanjungpura. Pada tahun 1985 Kodam XII / Tanjungpura yang berkedudukan di Pontianak Kalimantan Barat dilikuidasi menjadi Kodam VI / Tanjungpura yang berkedudukan di Balikpapan Kalimantan Timur (Kaltim) dan Rumkit Kesdam XII / Tanjungpura berubah nama menjadi Rumah sakit TK III Pontianak berkedudukan di Jalan Jendral Sudirman No.1 Pontianak. Pada tahun 1990 Rumah Sakit TK III Pontianak yang beralamat di jalan Sudirman No.1 Pontianak dipindahkan kedudukannya ke gedung yang baru dengan alamat Jl. Adi Sucipto Km.7 Sei Raya Kab Kubu Raya, yang diresmikan oleh Wakasad Letnan Jenderal TNI Sahala Rajagukguk pada tanggal 26 Oktober 1990. Pada tahun 2007 bertepatan hari ulang tahun Kesehatan Angkatan Darat yang ke 62 sebutan Rumah Sakit TK III Pontianak menjadi Rumah Sakit TK III Kartika Husada Pontianak, yang diresmikan oleh Komandan Detasemen Kesehatan Wilayah 06.04.04 Pontianak Letkol Ckm dr. Dony Hardono. Pada tahun 2010 Wilayah Kalimantan dibagi menjadi 2 Kodam (Kodam XII / Tanjungpura wilayah Kalbar dan Kalteng dan Kodam VI / Mulawarman wilayah Kaltim dan Kalsel) dan Rumah Sakit Tk. III Kartika Husada Pontianak di Bawah Kesdam XII / Tanjungpura. Pada Tahun 2012 Rumah Sakit TK III Kartika Husada Pontianak, berubah status menjadi RS Tk II Kartika Husada dengan dasar : Peraturan Panglima TNI No. 8 Tahun 2012 tentang Peningkatan Status Rumah Sakit Tingkat II Di Lingkungan TNI dan Peraturan KASAD No. Perkasad / 8 / VI / 2012 tentang Penigkatan Status 6 Rumah Sakit dari Tingkat III menjadi Tingkat II di Jajaran Kodam VI / MLW, IX / UDY, XII / TPR, XVI / PTM, XVII / CEN dan IM. Pada tahun 2014, berdasarkan UU RI No. 11 Tahun 2011 tentang Badan Penyelenggaraan Jaminan Sosial pada tanggal 1 Januari 2014 RSKH menjadi FKTL berubah sistem pelayanannya menjadi sistem pelayanan Rujukan Berjenjang. Pada tanggal 14 Februari 2018 oleh KARS (Komisi Akreditasi Rumah Sakit) menetapkan RSKH terakreditasi Paripurna berdasarkan surat keputusan ketua komisi akreditasi rumah sakit No. KARS – SERT / 1216 / II / 2018. Pada tanggal 23 Desember 2022 oleh LAFKI menetapkan RSKH terakreditasi Paripurna berdasarkan surat keputusan ketua komisi akreditasi rumah sakit Nomor : 076/LAFKI/AKREDITASI/XII/2022.