Rumah Sakit Paru Jember mendapatkan sertifikasi ISO 9001:2008 dari Badan Sertifikasi Internasional UKAS di Tahun 2008, hingga Tahun 2011 seluruh instalasi/unit telah sertifikasi ISO 9001:2008. Tidak hanya itu, untuk lebih meningkatkan pelayanan kepada masyarakat, Rumah Sakit Paru Jember berusaha menjadi PPK BLUD. Dengan diterbitkannya Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 79 Tahun 2008 tentang Perubahan Atas Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 29 Tahun 2008 tentang Pedoman Penerapan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah Provinsi Jawa Timur dan Keputusan Gubernur Jawa Timur Nomor 188/529/KPTS/013/2009 tentang Penetapan 9 (sembilan) Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur sebagai Badan Layanan Umum Daerah Unit Kerja, Rumah Sakit Paru Jember ditetapkan menjadi PPK BLUD Unit Kerja dengan status BLUD Penuh.