Pada Tahun 1998 seiring dengan berjalanya waktu dan perkembangan jaman serta tuntutan akan pelayanan kesehatan yang lebih baik maka BP/RB PKU Muhammadiyah Gubug atas bimbingan Dinas Kesehatan melakukan pembenahan yang meliputi sarana prasarana dan Sumber Daya Manusia (SDM) yang ada serta ditingkatkannya Status BP/RB menjadi Rumah Sakit Umum Muhammadiyah dengan Ijin Sementara dengan beberapa persyaratan yang harus segera dilengkapi dengan 50 tempat tidur.
Pada tahun 2001 Rumah Sakit Umum PKU Muhammadiyah Gubug berusaha memenuhi tuntutan masyarakat maupun dari pemerintah sehingga beberapa pembenahanpun dilakukan agar proses dan hasil pelayanan semakin baik, cakupan pelayanan yang semakin luas.
Pada tahun 2001Rumah Sakit Umum PKU Muhammadiyah Gubug dengan bantuan berbagai pihak serta bimbingan Dinas Kesehatan Kabupaten dan Dinas Kesehatan Provinsi pada tanggal 10 Oktober 2001 mendapatkan izin tetap dengan jumlah tempat tidur 75 TTan yang semakin luas.