RS. Sido Waras mulai beroperasional pada tanggal 12 Desember 2003 dan diresmikan pada tanggal 19 Febuari 2004 oleh Bupati Mojokerto saat itu yaitu Drs. H. Achmady, Msi. MM. Pada tahun 2012 RS. Sido Waras telah terakreditasi versi 2007 oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit Indonesia, sedangkan klasifikasi C didapatkan pada tahun 2013.

Pada tahun 2020 RS. Sido Waras telah terakreditasi versi SNARS Edisi 1.1 oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit Indonesia. Hingga saat ini RS. Sido Waras terus melakukan pengembangan pelayanan dan perbaikan fasilitas demi kenyamanan pasien.