Berawal dari keprihatinan akan umat Islam serta bangsa ini pada umumnya,juga demi tegaknya Dakwah Salafiyah yang betul-betul menjalankan ajaran Islam itu menurut Al-Qur’an dan Sunnah, dan tidak dicampuri atau dikotori oleh kesyirikan dan bid’ah pada khususnya, maka Yayasan Majelis At-Turots Al-Islamy yang berkedudukan di kompleks Pondok Pesantren Islamic Centre Bin Baz (ICBB) di Karanggayam, desa Sitimulyo, kecamatan Piyungan, kabupaten Bantul berkeinginan berpartisiasi dan peduli kepada masyarakat untuk mendirikan sarana kesehatan yang benar-benar menjadi rumah sakit Islam yang menjalankan syari’at Islam. Berlokasi di dukuh Klaci I desa Margoluwih kecamatan Seyegan kabupaten Sleman, Rumah Sakit At-Turots Al-Islamy Yogyakarta menempati areal seluas sekitar 3.159 m2 (wakaf Bapak H. Mas’udi asal Godean), dibangun pada tahun 2000 atas biaya seorang muhsinin (donatur) dari Kuwait, Nu’man al-Utsman melalui Jum’iyyah Ihya At-Turots Maktab Indonesia yang saat itu masih bernama Lajnah Khairiyah Musytarakah. Pada tanggal 29 Februari 2002, diresmikan oleh Dewan Penyantun Dana dari Kuwait dan Perwakilan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta, serta dihadiri pula oleh warga masyarakat yang ada di wilayah kecamatan Seyegan kabupaten Sleman. Pada April 2001 mulai beroperasi dan melayani masyarakat sebagai Balai Pengobatan dan Rumah Bersalin (BPRB). Babak baru sejarah Rumah Sakit At-Turots Al-Islamy Yogyakarta dimulai dengan dikeluarkannya Surat Izin Penyelenggaraan Rumah Bersalin Nomor : 503/1187/DKS/2001 dan Surat Izin Penyelenggaraan Balai Pengobatan dengan Nomor: 503/1188/DKS/2001 pada tanggal 19 Juli 2001. Lima tahun kemudian, tepatnya pada tanggal 2 April 2007 Balai Pengobatan dan Rumah Bersalin (BPRB) At-Turots Al-Islamy ditetapkan sebagai Rumah Sakit Khusus Ibu dan Anak (RS KIA) dengan dikeluarkannya Keputusan Kepala Dinas kesehatan Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta bernomor 445/1662/IV.2. Ketetapan sebagai Rumah Sakit Umum (RSU) diberikan kepada Rumah Sakit At-Turots Al-Islamy berdasarkan izin operasional dari Bupati Sleman dengan keluarnya Izin Sementara Penyelenggaraan Rumah Sakit At-Turots Al-Islamy oleh Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman melalui Surat Keputusan Nomor: 503/0786/DKS/2008 tertanggal 1 April 2008 yang kemudian diperpanjang dengan dikeluarkannya surat bernomor : 503/1647a yang ditandatangani oleh Kepala Dinas Kesehatan Sleman dengan pada tanggal 18 Mei 2009.