Pada 9 Januari 1993 No: 009-H/SKI/1993, RSUD Kabupaten Brebes telah memenuhi syarat menjadi RSUD kelas C, dan pada tahun 1998 memperoleh sertifikat akreditasi penuh dari Departemen Kesehatan RI.Tahun 2010, terjadi perubahan Pola Pengelolaan Keuangan Rumah Sakit menjadi Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) berdasarkan SK Bupati No 445/473 tanggal 21 Desember tahun 2010 dengan harapan akan menjadi lembaga yang lebih profesional dan akuntabel dalam memberikan pelayanan kepada pelanggan sehingga kepuasan pelanggan tetap terjaga.

Pada bulan Februari tahun 2012, RSUD Brebes berhasil mendapatkan akreditasi oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) Depkes RI dengan Nomor Sertifikat : KARS/-SERT/432/II/2012. Selanjutnya RSUD Brebes mengajukan peningkatan kelas RS dari kelas C menjadi kelas B sesuai dengan predikat akreditasi yang telah ditetapkan kepada Kemenkes RI. Sesuai dengan surat Keputusan Menteri Kesehatan RI nomor HK.03.05/I/2231/12 tanggal 10 September 2012, RSUD Kabupaten Brebes telah ditetapkan sebagai Rumah Sakit Umum kelas B. Sebagai bentuk peningkatan mutu pelayanan Rumah Sakit, di tahun 2017 RSUD Brebes dinyatakan lulus Akreditasi secara Paripurna oleh Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) Kementerian Kesehatan RI. Dan pada Desember 2022, setelah melalui masa Pandemi Covid-19, RSUD Brebes kembali mengikuti akreditasi RS versi terbaru STARKES 2022 oleh Lembaga Akreditasi RS (LARS) dan berhasil lulus PARIPURNA.

Hingga saat ini, di tahun 2023 RSUD Brebes senantiasa berkomitmen untuk mengembangkan inovasi pelayanan demi kenyamanan dan kepuasan pelanggan. Berkembang memiliki 24 jenis layanan poliklinik dan 15 bangsal, RSUD Brebes melayani pasien BPJS, Umum, dan Asuransi lainnya untuk kelas 1,2,3,VIP, hingga VVIP. Sebagai Rumah Sakit rujukan di Kab. Brebes, RSUD Brebes memiliki berbagai fasilitas yang menunjang pemeriksaan dan pelayanan kesehatan.