RSUD ini berawal dari Balai Pengobatan Panti Karya Harapan yang dikelola oleh jawatan sosial kota praja pada tahun 1946. Balai pengobatan ini bertujuan melayani warga miskin, orang – orang terlantar, dan gelandangan di Jakarta. Pada tanggal 19 Desember 1962 semasa H.M. Moeljadi Djojomartono menjabat sebagai Menteri Sosial Republik Indonesia, Balai Pengobatan Panti Karya Harapan dijadikan Rumah Sakit Sosial Budhi Asih. Pengelolaan Rumah Sakit Budhi Asih berada dibawah Dinas Sosial Pemprov DKI Jakarta yang saat itu kapasitas rumah sakit hanya 60 tempat tidur.[2] Pada tanggal 20 Januari 1981, pengelolaannya dialihkan kepada Dinas Kesehatan Pemprov DKI Jakarta berdasarkan SK Gubernur KDKI No.63/1981 dengan kapasitas tampung pasien mencapai 100 tempat tidur. Rumah sakit ini lalu melayani masyarakat luas dan tetap memberikan pelayanan kepada pasien yang kurang mampu seperti gelandangan dan pengemis, sebagai ciri sosialnya. Pada tahun 1990, terjadi perubahan status rumah sakit ini menjadi tipe C dengan kapasitas 143 tempat tidur. Sebagai rumah sakit milik Pemprov DKI Jakarta, anggaran operasional dan investasi sepenuhnya bersumber dari APBD DKI Jakarta. Sejak diterbitkannya Perda DKI Jakarta No.10 tahun 1997 rumah sakit ini menjadi rumah sakit menjadi unit Swadana Daerah dan pada tahun 2000, RSUD Budhi Asih berhasil mendapat sertifikat akreditasi Rumah Sakit penuh untuk lima pelayanan dasar tanpa syarat yaitu: Unit Gawat Darurat (UGD), Unit Pelayanan Medik, Unit Rekam Medik, Unit Keperawatan dan Unit Manajemen. Kemudian tahun 2006, rumah sakit ini menempati gedung barunya dengan 12 lantai yang saat itu mempunyai kapasitas sebanyak 267 tempat tidur. Barulah pada tahun 2007, RSUD Budhi Asih berhasil menjadi rumah sakit tipe B dengan SK Menkes tanggal 10 April 2007 No.434/Menkes/SK/IV/2007