Pembangunan Rumah Sakit Merah Putih merupakan program strategis pembangunan bidang kesehatan Kabupaten Magelang periode kepemimpinan Bupati dan Wakil Bupati Magelang Bapak Zaenal Arifin, SIP dan Bapak Zaenal Arifin, SH. Program strategis ini tertuang dalam Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJMD) Kabupaten Magelang tahun 2014 – 2019. Legalitas pendirian Rumah Sakit ini adalah Surat Keputusan Bupati Nomor 180.182/293/KEP/05/2019 Tentang Ijin Mendirikan Rumah Sakit Merah Putih Kabupaten Magelang.

Sesuai dengan ketersediaan bangunan, alat kesehatan, sarana prasarana dan Sumber Daya Manusia yang dimiliki saat ini, UPTD RSD Merah Putih dipersiapkan operasional sebagai Rumah Sakit Umum Kelas C.

Berdasarkan Peraturan Bupati Magelang Nomor 47 Tahun 2021 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Unit Organisasi Bersifat Khusus pada Dinas Kesehatan, UPTD RSD Merah Putih berubah menjadi RSUD Merah Putih dan merupakan Organisasi Bersifat Khusus pada Dinas Kesehatan.