Pada awalnya RSUD Meuraxa merupakan rumah sakit milik Yayasan Meuraxa yang didirikan oleh tokoh-tokoh masyarakat dari kecamatan Meuraxa Kota Banda Aceh. Secara resmi rumah sakit ini kemudian diserahkan kepada Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Aceh melalui Gubernur Daerah Istimewa Aceh pada tanggal 26 April 1997, dengan surat penyerahan Nomor: 15/PKS/1997.

Selanjutnya secara resmi pada tanggal 20 September 1997 oleh Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Aceh, yang tercantum dalam surat Nomor: 445/653/1997, pengelolaan rumah sakit yang kemudian diberi nama Rumah Sakit Umum Meuraxa ini diserahkan kepada Pemerintah Kota Banda Aceh untuk dijadikan Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) di Kota Banda Aceh. Tujuan penyerahan pengelolaan ini guna menunjang proses peningkatan dan pengembangan fungsi dan peran RSUD Meuraxa agar lebih efisien dan efektif sebagai instansi pemberi pelayanan kesehatan kepada masyarakat.