RSUD Mohammad Noer Pamekasan yang dahulu bernama Balai Pemberantasan dan Pencegahan Penyakit Paru Pamekasan (BP4 Pamekasan) berdiri sekitar tahun 1960 – tahun 1961. Dasar pendiriannya adalah Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 144 tahun 1978. Didirikan dengan tujuan memberikan pelayanan di bidang pengobatan penyakit tuberculose (TBC), tetapi kemudian pelayanan diperluas juga untuk penyakit paru lainya (Non TBC) dan penyakit selain penyakit paru. Pada tahun 2020 dengan ada Pandemi Covid-19 RSUD Mohammad Noer Pamekasan ditunjuk menjadi Rumah Sakit Rujukan Covid-19. Saat ini, kualitas pelayanan dan kinerja RSUD Mohammad Noer Pamekasan telah terakreditasi KARS 2012 tingkat perdana pada tahun 2016, pada tahun 2017 yang lalu telah melakukan survei verifikasi lanjutan pertama dan pada tahun 2018 telah melakukan survei verifikasi ke dua, dan secara bertahap akan terakreditasi paripurna pada tahun 2020, akan tetapi karena pada tahun 2020 masih ada Pandemi Covid-19 sehingga pelaksanaan penilaian remedial akreditasi yang akan dilaksanakan pada tahun 2020 menunggu instruksi lebih lanjut.