Mulai Tahun 2012 RSUD Muntilan telah menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Bupati Magelang Nomor 188.45/451/KEP/02/2011 Tentang Penerapan Status Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) pada Rumah Sakit Umum Daerah Muntilan Kabupaten Magelang secara bertahap dan ditetapkan menjadi PPK BLUD Penuh pada Tahun 2013 melalui Surat Keputusan Bupati Magelang Nomor 188.45/414/KEP/31/2013 tentang Penerapan Status Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) Secara Penuh Pada Rumah Sakit Umum Daerah Muntilan Kabupaten Magelang.

Dalam Rangka meningkatkan Mutu Rumah Sakit RSUD Muntilan pada tahun 2011 telah melaksanakan Akreditasi dan telah mendapat status Akreditasi Penuh Tingkat lanjut melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor YM.01.10/III/504/2011 tentang pemberian Status Akreditasi Penuh Tingkat Lanjut Kepada Rumah Sakit Umum Daerah Kabupaten Magelang Di Kabupaten Magelang, Propinsi Jawa Tengah yang berlaku sampai dengan tahun 2015. Pada tahun 2016 RSUD Muntilan kembali melaksanakan Akreditasi Rumah Sakit Versi KARS Tahun 2012 dan mendapatkan predikat lulus “Tingkat Madya (Bintang Tiga)” dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit dengan sertifikat akreditasi nomor KARS-SERT/551/XII/2016 yang berlaku sampai dengan 20 Desember 2019. Kemudian di Tahun 2019 RSUD Muntilan kembali melaksanakan Akreditasi Rumah Sakit Versi Snars 1 dan mendapatkan predikat lulus “Tingkat Paripurna (Bintang Lima)” dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit dengan sertifikat akreditasi nomor KARS-SERT/1229/XII/2019 yang berlaku 20 November 2019 s/d 19 November 2022.

Di tahun 2022, dalam rangka melaksanakan ketentuan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 Tentang Perangkat Daerah, RSUD Muntilan berubah menjadi Unit Organisasi Bersifat Khusus (UOBK) pada Dinas Kesehatan Pemerintah Kabupaten Magelang. Pembentukan organisasi RSUD Muntilan didasarkan pada Peraturan Bupati Magelang nomor 47 tahun 2021 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, Serta Tata Kerja Unit Organisasi Bersifat Khusus Pada Dinas Kesehatan yang berlaku mulai Tanggal 17 Februari 2022 dan masih dalam masa transisi perubahan dari sebelumnya merupakan Oraganisasi Perangkat Daerah (OPD) menjadi UOBK yang melaksanakan urusan pemerintahan bidang kesehatan berbentuk rumah sakit daerah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.