Dengan berubah status Kota Administratif Prabumulih menjadi Kota Prabumulih sebagai hasil pemekaran dari Kabupaten Muara Enim sesuai dengan Undang-undang Nomor 6 tahun 2001, maka dengan sendirinya RSUD Kota Prabumulih diserahkan ke Pemerintah Kota Prabumulih. Karena lahan bangunan yang lama sangat sempit dan tidak lagi representative dan pasien yang datang ke RSUD Kota Prabumulih semakin banyak serta volume pelayanan yang semakin meningkat, maka Pemerintah Kota Prabumulih pada tahun 2004 sudah mulai membangun RSUD Kota Prabumulih di kawasan Jl. Lingkar Kelurahan Gunung Ibul Prabumulih Timur 31111 dengan luas 5 hektar. Pada tanggal 3 Desember 2008 RSUD Kota Prabumulih telah melaksanakan perpindahan pelayanan ke lokasi tersebut, dan mulai dapat memberikan Pelayanan Kesehatan kepada masyarakat Kota Prabumulih pada tanggal 6 Desember 2008 sampai dengan sekarang.

Di gedung baru tersebut, RSUD Kota Prabumulih telah memiliki fasilitas yang jauh lebih baik dari sebelumnya, sebagai contoh : area lahan yang luas, peralatan medis yang baru serta didukung informasi teknologi (SIM-RS, SMS Gateway, Hotspot, Sistem Antrian Pasien, CCTV) dan lain-lain. Fasilitas Rawat Inap yang tersedia yaitu Kelas I, Kelas II, Kelas III, VIP, dan VVIP dengan jumlah total tempat tidur 137 buah. Kelas-kelas tersebut berada pada beberapa Departement, yaitu Departement Medical (Interne / Penyakit Dalam), Departement Surgical (Bedah), Departement Pediatric (Anak), Departement Maternitas (Kebidanan dan Kandungan).

Pada tanggal 15 November 2007 Menteri Kesehatan Republik Indonesia menetapkan bahwa RSUD Kota Prabumulih mendapatkan status Akreditasi "PENUH TINGKAT DASAR" dengan Nomor SK YM.01.10/III/1329/07. Yang berlaku dari tanggal 15 November 2007 sampai dengan 15 November 2010.