RSUD Provinsi Kepulauan Riau digagas oleh Gubernur dan Wakil Gubernur periode 2005 – 2010 (Ismeth Abdullah dan Muhammad Sani). Peletakkan batu pertama dilaksanakan pada tahun 2007. RSUD Provinsi Kepulauan Riau merupakan Rumah Sakit yang diarahkan untuk menjadi rumah sakit kelas B Pendidikan dan telah beroperasi sejak 29 Februari 2012 (soft opening) berdasarkan Surat Izin Operasional Rumah Sakit oleh Dinas Kesehatan Provinsi Kepulauan Riau dengan Nomor 001/Dinkes/II/Tahun 2013. Adapun Direktur RSUD Provinsi Kepulauan Riau pertama kali adalah dr. Supartini selaku PLT. Direktur.

Sesuai dengan Keputusan Gubernur No. 988 Tahun 2014 RSUD Provinsi Kepulauan Riau Tanjungpinang berubah nama menjadi RSUD Raja Ahmad Tabib. Penamaan tersebut diambil dari nama seorang ulama dan tabib (dokter) yang bernama Raja Ahmad Tabib. Ayahnya adalah Raja Hasan putra dari Raja Ali Haji.Ibunya adalah Raja Maimunah, puteri Raja Abdullah atau al-Marhum Mursyid Yang Dipertuan Muda Riau-Lingga ke IX.

Pengelolaan Rumah Sakit telah menerapkan Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) penuh sejak tanggal 1 Januari 2014 berdasarkan peraturan Gubernur No 1A tahun 2014 tentang Pedoman Pelaksanaan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah Pada Rumah Sakit Umum Daerah Provinsi Kepulauan Riau, Tanjungpinang.