RSUD Tarakan mengalami beberapa kali transformasi sebelum akhirnya menjadi Rumah Sakit yang mengalami Perubahan Bentuk Badan Hukum seperti sekarang ini terdiri dari:

RSUD Tarakan dimulai pada tahun 1953, pada waktu itu Gubernur Jakarta Bpk. R. Sudiro meresmikan Balai Pengobatan untuk melayani masyarakat di daerah Kecamatan Gambir. Tahun 1956 dalam perkembangannya Balai Pengobatan itu mengalami peningkatan , baik dari segi fungsi maupun dari fisik, peningkatan fungsi dari balai pengobatan menjadi Puskesmas Kecamatan Gambir , Selain berfungsi sebagai Puskesmas gedung ini dimanfaatkan sebagai Kantor Suku Dinas Kesehatan Jakarta Pusat. Tahun 1968 Balai Pengobatan itu ditingkatkan menjadi Puskesmas Kecamatan Gambir.