Rumah Sakit Umum Daerah Wates menurut sejarahnya adalah kelanjutan dari peninggalan pemerintahan penjajahan Belanda, terletak di sebelah alun alun Wates. Setelah kemerdekaan keberadaannya tetap dilestarikan, hingga pada tahun 1963 ditetapkan dengan Peraturan Daerah Tk II Kulon Progo Nomor 6 Tahun 1963. Saat itu kedudukan rumah sakit masih menjadi satu dengan Dinas kesehatan Rakyat (DKR).