Rumah Sakit Umum Daerah Wonosari terletak di Kabupaten Gunungkidul. Kabupaten Gunungkidul merupakan daerah perbukitan kapur / KARST atau yang lebih dikenal sebagai kawasan Gunung Seribu. Kabupaten Gunungkidul masuk dalam wilayah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dengan batas wilayah sebagai berikut : sebelah timur berbatasan dengan wilayah Kabupaten Wonogiri dan Pacitan, sebelah utara berbatasan dengan Kabupaten Klaten dan Sleman, Sebelah barat berbatasan dengan kabupaten Bantul sementara sebelah selatan dibatasi oleh Samudera Indonesia, luas wilayah Kabupaten Gunungkidul secara keseluruhan mencapai 1.485,36 km2 atau sekitar 46,63% dari keseluruhan wilayah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Rumah Sakit Umum Daerah Wonosari menempati lokasi di Dusun Jeruksari, Kalurahan Wonosari, Kecamatan Wonosari, Kabupaten Gunungkidul. Berada di jantung kota Wonosari Kabupaten Gunungkidul atau sebelah utara kantor Bupati Gunungkidul yang beralamat di Jalan Taman Bhakti nomor 06 Wonosari, Gunungkidul, Yogyakarta Kode Pos 55812.