Rumah Sakit Wira Sakti Tk. III. Kupang merupakan rumah sakit rujukan tingkat pertama Prajurit, PNS hankam, dan keluarga di wilayah Korem 161/Wira Sakti yang mencakup seluruh wilayah Provinsi Nusa Tenggara Timur bagi peserta BPJS militer dan non militer serta masyarakat umum. Selain Itu, Rumah Sakit Tk. III Wira Sakti juga memberikan pelayanan/menerima rujukan integrasi terhadap anggota Satgas Pamtas RI – RDTL, Satgas Pengamanan pulau terluar (Ndana Rote dan Batek), TNI AL dan TNI AU yang berada di wilayah Nusa Tenggara Timur.